Jurusan Sistem Informasi FMIPA Universitas Cenderawasih berlokasi di Kampus Baru Waena Jl. Kampwalker Yabansai, Distrik Heram, Kota Jayapura, Papua. Berdiri sejak tahun 2012 dan menjadi Program Studi Sistem Informasi pertama di Perguruan Tinggi Negeri di Papua, Jurusan Sistem informasi telah menghasilkan ratusan lulusan yang tersebar di wilayah Indonesia, khususnya di Papua, dan telah memberikan dampak positif bagi kemajuan di Organisasi dan wilayah tempat Alumni Tersebut bekerja.
Pada Tahun 2012, Program Studi Sistem Informasi berada pada Jurusan Matematika, di bawah Fakultas MIPA. Pada Tahun 2020, Program Studi Sistem Informasi menjadi Jurusan sendiri, berdasarkan Rapat Senat di Fakultas MIPA. Dalam Perkembangannya, Jurusan Sistem Informasi berkembang dan menghasilkan banyak lulusan, serta berkolaborasi dengan Mitra dalam melaksanakan Tri Darma Perguruan Tinggi