Jurusan Sistem Informasi FMIPA Universitas Cenderawasih berlokasi di Kampus Baru Waena Jl. Kampwalker Yabansai, Distrik Heram, Kota Jayapura, Papua. Berdiri sejak tahun 2012 dan menjadi Program Studi Sistem Informasi pertama di Perguruan Tinggi Negeri di Papua, Jurusan Sistem informasi telah menghasilkan ratusan lulusan yang tersebar di wilayah Indonesia, khususnya di Papua, dan telah memberikan dampak positif bagi kemajuan di Organisasi dan wilayah tempat Alumni Tersebut bekerja.